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diff --git a/Makefile.in b/Makefile.in
index 0b02f00..ec588a8 100644
--- a/Makefile.in
+++ b/Makefile.in
@@ -115,25 +115,25 @@ VMSBUILD= compile_moldy.com link_moldy.com defcomm.com\
DOSBUILD= Makefile.mak OFILES.RSP SHAKOBJS.RSP Makefile.w32
-all: moldy utilities Makefile
+all: moldy utilities
moldy: $(OFILES) $(EXTRA_OBJ) $(HFILES)
- $(CC) -o moldy $(LDFLAGS) $(OFILES) $(EXTRA_OBJ) $(LIBS)
+ $(CC) $(LDFLAGS) -o moldy $(LDFLAGS) $(OFILES) $(EXTRA_OBJ) $(LIBS)
moldyext: moldyext.c $(LIBOBJS) $(HFILES)
- $(CC) $(CFLAGS) -o moldyext $(OPT) $(DEFS) $(LDFLAGS1) moldyext.c $(LIBOBJS) $(LDFLAGS) $(LIBS)
+ $(CC) $(LDFLAGS) $(CFLAGS) -o moldyext $(OPT) $(DEFS) $(LDFLAGS1) moldyext.c $(LIBOBJS) $(LIBS)
manalyze: manalyze.c $(HFILES)
- $(CC) $(CFLAGS) -o manalyze $(OPT) $(DEFS) $(LDFLAGS1) manalyze.c $(LDFLAGS) $(LIBS)
+ $(CC) $(LDFLAGS) $(CFLAGS) -o manalyze $(OPT) $(DEFS) $(LDFLAGS1) manalyze.c $(LIBS)
dumpanal: dumpanal.c xdr.o $(HFILES)
- $(CC) $(CFLAGS) -o dumpanal $(OPT) $(DEFS) $(LDFLAGS1) dumpanal.c xdr.o $(LDFLAGS) $(LIBS)
+ $(CC) $(LDFLAGS) $(CFLAGS) -o dumpanal $(OPT) $(DEFS) $(LDFLAGS1) dumpanal.c xdr.o $(LIBS)
dumpext: dumpext.c xdr.o utlsup.o matrix.o $(LIBOBJS) $(HFILES)
- $(CC) $(CFLAGS) -o dumpext $(OPT) $(DEFS) $(LDFLAGS1) dumpext.c xdr.o utlsup.o matrix.o $(LIBOBJS) $(LDFLAGS) $(LIBS)
+ $(CC) $(LDFLAGS) $(CFLAGS) -o dumpext $(OPT) $(DEFS) $(LDFLAGS1) dumpext.c xdr.o utlsup.o matrix.o $(LIBOBJS) $(LIBS)
dumpconv: dumpconv.c xdr.o $(HFILES)
- $(CC) $(CFLAGS) -o dumpconv $(OPT) $(DEFS) $(LDFLAGS1) dumpconv.c xdr.o $(LDFLAGS) $(LIBS)
+ $(CC) $(LDFLAGS) $(CFLAGS) -o dumpconv $(OPT) $(DEFS) $(LDFLAGS1) dumpconv.c xdr.o $(LIBS)
#mdtraj: mdtraj.o $(SHAKOBJS) $(LIBOBJS)
# $(CC) -o mdtraj $(LDFLAGS) mdtraj.o $(SHAKOBJS) $(LIBOBJS) $(LIBS)
@@ -142,21 +142,21 @@ mdshak: mdshak.o $(SHAKOBJS) $(LIBOBJS)
$(CC) -o mdshak $(LDFLAGS) mdshak.o $(SHAKOBJS) $(LIBOBJS) $(LIBS)
msd: msd.o $(SHAKOBJS) $(LIBOBJS)
- $(CC) -o msd $(LDFLAGS1) msd.o $(SHAKOBJS) $(LIBOBJS) $(LDFLAGS) $(LIBS)
+ $(CC) $(LDFLAGS) -o msd $(LDFLAGS1) msd.o $(SHAKOBJS) $(LIBOBJS) $(LIBS)
mdvaf: mdvaf.o $(SHAKOBJS) $(LIBOBJS)
- $(CC) -o mdvaf $(LDFLAGS1) mdvaf.o $(SHAKOBJS) $(LIBOBJS) $(LDFLAGS) $(LIBS)
+ $(CC) $(LDFLAGS) -o mdvaf $(LDFLAGS1) mdvaf.o $(SHAKOBJS) $(LIBOBJS) $(LIBS)
mdavpos: mdavpos.o $(SHAKOBJS) $(LIBOBJS)
- $(CC) -o mdavpos $(LDFLAGS1) mdavpos.o $(SHAKOBJS) $(LIBOBJS) $(LDFLAGS) $(LIBS)
+ $(CC) $(LDFLAGS) -o mdavpos $(LDFLAGS1) mdavpos.o $(SHAKOBJS) $(LIBOBJS) $(LIBS)
mdbond: mdbond.o $(SHAKOBJS) $(LIBOBJS)
- $(CC) -o mdbond $(LDFLAGS1) mdbond.o $(SHAKOBJS) $(LIBOBJS) $(LDFLAGS) $(LIBS)
+ $(CC) $(LDFLAGS) -o mdbond $(LDFLAGS1) mdbond.o $(SHAKOBJS) $(LIBOBJS) $(LIBS)
bdist: bdist.c $(HFILES)
- $(CC) $(CFLAGS) -o bdist $(OPT) $(DEFS) $(LDFLAGS1) bdist.c $(LIBOBJS) $(LDFLAGS) $(LIBS)
+ $(CC) $(CFLAGS) $(LDFLAGS) -o bdist $(OPT) $(DEFS) $(LDFLAGS1) bdist.c $(LIBOBJS) $(LIBS)
ransub: ransub.o $(SHAKOBJS) $(LIBOBJS)
- $(CC) -o ransub $(LDFLAGS1) ransub.o $(SHAKOBJS) $(LIBOBJS) $(LDFLAGS) $(LIBS)
+ $(CC) $(LDFLAGS) -o ransub $(LDFLAGS1) ransub.o $(SHAKOBJS) $(LIBOBJS) $(LIBS)
utilities: $(UTILS) $(UTILS2)
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