apokorny@gentoo.org Andreas Pokorny sci CBCAnalyzer reads several CT-file formats (ct, RNAviz ct or Mac ct), and generates a so called ``bracket-dot-bracket'' format that typically is used as input for other tools such as RNAforester, RNAmovie or MARNA. The latter one creates a multiple alignment based on primary sequences and secondary structures that now can be used as input for CBCDetect. CBCAnalyzer counts compensatory base changes in all against all of the aligned sequences. The count (distance) matrix obtained by CBCDetect is used as input for CBCTree that reconstructs a phylogram by using the algorithm of BIONJ. CBCAnalyzer liest unterschiedliche CT-Format (ct, RNAviz ct oder Mac ct), und generiert daraus ein sogenanntes ``Klammer-Punkt-Klammer'' Format, dass normalerweise als Eingabe für Programme wie RNAforester, RNAmovie oder MARNA dient. Letzteres erzeugt ein multiples Aligment primaer basierend auf der Sequenz und sekundär basierend auf der Struktur, dies als Eingabe für CBCDetect verwendet werden. CBCAnalyzer zählt dann kompensierende Basiswechsel in allen Sequenzen. Diese Zähl oder Distanzmatrix aus CBCDetect wird als Eingabe für CBCTree verwendet, um ein Phylogram mit Hilfe des BIONJ-Algorithmus zu erzeugen.